SFU（Windows Services for UNIX）のディレクトリ情報は、本来のUNIXとは違います。（当たり前ですが）
まず、シェルを起動すると、ホームディレクトリに移動した状態となります。（UNIXでログインした直後と同じですね）
具体的には、C:\Documents and Settings\（ユーザー名） がホームディレクトリとなります。
$ echo ~
としてみると、
/dev/fs/C/Documents and Settings/（ユーザー名）
となります。
その他のドライブも/dev/fs/（ドライブ名（英字のみ））に割り当てられます。
D: ドライブだったら、/dev/fs/D/ となります。